Contrairement à l'idée reçue, le «Concordat» - exception du droit français - qui régit les cultes en Alsace (Haut-Rhin et Bas-Rhin) et dans le département de la Moselle, n'est pas un héritage du droit allemand qui s'appliqua à cette région de 1871 à 1918. Il remonte à l'accord signé entre Napoléon Bonaparte et le pape Pie VII, le 10 septembre 1801, régissant le culte catholique en France. Le 9 décembre 1905, le vote de la loi concernant la séparation des Églises et de l'État eut pour effet d'abolir ce Concordat, sauf pour les trois départements alors annexés par le Reich, qui conserva d'ailleurs cette législation religieuse particulière.
Quand l'Alsace et la Moselle revinrent à la France en 1918, un statut provisoire fut adopté pour maintenir ce Concordat. Dès la victoire du Cartel des gauches en 1924, Édouard Herriot envisagea de le remplacer par la loi de 1905. La résistance des populations locales fortement attachées à ce droit fut telle qu'elle obligea ces politiques à renoncer. Le Conseil d'État confirma juridiquement cette exception en 1925. Seule l'annexion en 1940 par l'Allemagne nazie mit juridiquement fin au Concordat, mais il fut aussitôt rétabli en 1945.
La clé juridique du Concordat est la reconnaissance officielle par l'État français des quatre cultes de l'époque, catholique, luthérien, réformé et israélite. L'État dispose à ce titre d'un droit de contrôle sur ces cultes. Ainsi les archevêques de Strasbourg et de Metz, le président et le vice-président des organisations protestantes et les présidents de consistoires juifs (Strasbourg, Colmar, Metz) sont juridiquement «nommés» par l'État. En pratique, l'État entérine des personnalités élues (juifs et protestants) ou choisies par le Pape. Dans la même logique, tous les ministres du Culte sont agréés par le ministère de l'Intérieur, une simple formalité aujourd'hui. En contrepartie, l'État prend en charge la rémunération des ministres du Culte. Les municipalités sont tenues de les loger. Elles doivent aussi compléter et, en définitive, assurer les frais de fonctionnement des paroisses et communautés considérées comme des établissements publics.
