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La seconde guerre mondiale, comme la précédente mais avec une intensité encore plus forte, a effacé les distinctions entre militaires et civils. Ainsi les populations civiles européennes sont totalement impliquées dans le conflit. Elles sont prises comme cibles ou privées de conditions de vie décentes dans les pays occupés par une armée ennemie, en particulier par l’Allemagne nazie. Elles sont souvent soumises à une terreur permanente et à l’effort de guerre. Mais ce qui fait de ce conflit une guerre d’anéantissement extrême est l’extermination des Juifs et des Tziganes jugés indésirables par le régime nazi. Ces génocides sont froidement planifiés à partir de 1942.
Les civils européens représentent ainsi une grande partie des 35 millions de morts sur le continent : la moitié des 20 millions de morts en URSS, 60 % des victimes en France et la quasi totalité en Pologne, notamment des juifs. Détruire les civils est devenu une véritable stratégie, une arme de guerre et une arme idéologique. En dehors de l’Europe, il faudrait ajouter les civils de deux villes entières du Japon, Hiroshima et Nagasaki, prises pour cible par une nouvelle arme de destruction massive, la bombe atomique.
Ainsi face à ces horreurs qui donnent à cette guerre une dimension de déshumanisation jamais atteinte, le monde de 45 remet en cause les valeurs soit disant humanistes du progrès et de la science dont se prévalait l’occident depuis le XIX
ème siècle. Des procès comme celui de Nuremberg en 1945 et 1946 inventent alors de nouvelles notions comme celle de crimes de guerres (traitement inhumain de populations civiles ou militaires dans le cadre de la guerre) ou celle de crime contre l’humanité (traitement inhumain de populations civiles dont le génocide est la forme la plus extrême). Ces notions juridiques posent les bases d’un droit international encore en vigueur aujourd’hui, ce qui n’a malheureusement pas empêché que des civils soient à nouveau pris comme cibles, par exemple lors des attentats du 11 septembre 2001.
