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Dès janvier 1942, un préfet, Jean Moulin est chargé par le général de Gaulle de fédérer les mouvements de résistance. Cet effort aboutit courant 1942 en zone sud, à la constitution des Mouvements unis de Résistance puis en mai 1943 à la création du Conseil national de la Résistance qui associe mouvements de résistance et partis politiques. Le CNR élabore un audacieux programme économique et social qui sera partiellement réalisé à la Libération. Toujours en métropole, dans la clandestinité,les Forces françaises de l'Intérieur (FFI), grossies des réfractaires du Service du travail obligatoire (STO) s'organisent, en particulier dans les maquis, en vue de la libération du territoire. Les Francs Tireurs et Partisans conservent leur autonomie et pratiquent une guérilla efficace. Tous sont poursuivis avec férocité tant par la Milice de Vichy que par l'armée allemande.
Le 3 juin 1944, à la veille du débarquement allié en Normandie, de Gaulle institue le gouvernement provisoire de la République française, seul habilité en conséquence à administrer le territoire national, face aux velléités américaines d'installer une administration provisoire du territoire occupé (AMGOT). Il ne sera reconnu par les Alliés que le 23 octobre. Le 9 août, une ordonnance du GPRF rétablit la légalité républicaine, déclarant nul et, non avenue la législation postérieure au 16 juin 1940 et par conséquent, la loi du 10 juillet 1940. Au balcon de l'Hôtel de Ville, le 25 août, de Gaulle refuse de proclamer la République "qui n'a jamais cessé d'exister". Mais ce ne sera plus la même…
