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L'Église veut évangéliser les derniers territoires d'Europe encore païens ou renforcer la foi chrétienne : en Europe du Nord et de l'Est, les chevaliers teutoniques réduisent les dernières zones de paganisme et conquièrent de vastes territoires ; les ordres mendiants vivent pauvrement au contact de la population pour l'évangéliser…L'Église veut réprimer les foyers de dissidence religieuse : les critiques de la richesse et des contacts entre l'Église et le pouvoir politique, la recherche d'une foi « plus pure » et plus proche des origines ont conduit certains croyants à s'éloigner de l'Église catholique. Les vaudois à Lyon ou lescathares dans le Languedoc, en Italie du Nord, en Rhénanie… sont des hérétiques qui menacent l'Église. Cette dernière bénéficie de l'appui du pouvoir politique qui lance des croisades. Ainsi, la croisade contre les Albigeois est lancée par des seigneurs du nord de la France contre l'hérésie cathare soutenue par des seigneurs du sud (les raisons politiques se mêlent aux raisons religieuses). Les dissidents sont arrêtés et exécutés. Les communautés juives sont aussi visées par cette politique de répression.Pour rétablir le dogme chrétien et une foi orthodoxe (conforme à la règle), l'Église crée les tribunaux de l'inquisition au milieu du xiiie siècle. Ce sont des tribunaux de l'Église chargés de la lutte contre les hérétiques mais aussi de leur conversion.
