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La seule institution européenne universelle au moyen-âge est l'Eglise chrétienne, elle-même en proie à la dispersion de son autorité. Dans la hiérarchie ecclésiastique, le pouvoir réel est détenu par les évêques, véritables princes de leur diocèse. Le pape, évêque de Rome, jouit seulement d’une prééminence formelle sur ses pairs, comme détenteur du trône de saint Pierre à qui le Christ est censé avoir confié la direction de l’Église. L’idée d’un gouvernement ecclésiastique ou d’une Église monarchique dirigée par le pape ne se développe pas au cours des premiers siècles du Moyen Âge.
L’Église elle-est même comparée à une communauté spirituelle des chrétiens que l'on considère exilés du royaume de Dieu, attendant dans un monde hostile le jour de la délivrance. La plupart des membres de cette communauté sont étrangers à la hiérarchie du gouvernement ecclésiastique et demeurent dans des monastères étalés sur toute l’Europe.
Face aux forces centrifuges dont l’arianisme reste la plus redoutable, des tendances en faveur de l’unification du rite, du calendrier et de la règle monastique s’affirment au sein de l’Église. En ce sens, le rôle du pape Grégoire le Grand ou du fondateur de l’ordre des bénédictins, saint Benoît de Nursie, est considérable.
